¿Golpe fatal contra ENCODE y la “utilidad” del ADN “basura”?

Una de las grandes noticias científicas de 2012 fue la publicación de los resultados del proyecto ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements), que reclamaban una “función” bioquímica para gran parte del mal llamado ADN basura (“junk ADN” que no “garbage ADN”). Este resultado requería una revisión de ciertos aspectos de la teoría evolutiva y la genética, por lo que causó un gran enfrentamiento entre los expertos. Se han escritos muchos artículos en contra de la posible “función” del ADN basura, pero el definitivo es Dan Graur et al, “On the immortality of television sets: “function” in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE,” Genome Biology and Evolution, AOP February 20, 2013 [copia gratis]. Me he enterado vía Robin McKie, “Scientists attacked over claim that ‘junk DNA’ is vital to life. Rivals accuse team of knowing nothing about evolutionary biology,” The Guardian, 24 Feb 2013, por lo que he buscado con urgencia a PaleoFreak (gran crítico de ENCODE en Twitter) y me he encontrado con un aplastante y demoledor “Golpe final al ENCODE (y viva el ADN basura),” 21 Febrero, 2013. Recomiendo su lectura, “no exenta de ironía y cierta crueldad.”

El nuevo artículo es contundente. El Consorcio ENCODE ha caído en una falacias lógica llamada afirmar el consecuente: Si A→B, y se da B, entonces se da A (lo correcto es el modus ponens: Si A→B, y se da A, entonces se da B). En concreto, los trozos de ADN que muestran una función biológica suelen mostrar ciertas propiedades, como se han observado trozos de ADN con las mismas propiedades, entonces dichos trozos de ADN tienen una función biológica (donde A=función y B=propiedad). Por ello, el Consorcio ENCODE ha publicado que más del 80% del genoma humano es funcional, es decir, que casi todos los nucleótidos tienen una función y que estas funciones se conservan evolutivamente sin sufrir selección. Todo indica que el proyecto ENCODE abusa del concepto “función” olvidando el último siglo de genética, que ha demostrado que sólo el 10% del genoma humano se ha conservado evolutivamente gracias a la selección; si fuera cierta la afirmación de ENCODE, el 70% del genoma humano sería invulnerable a mutaciones perjudiciales (un sinsentido en genética y teoría evolutiva). ENCODE ha caído también en la trampa de la apofenia, consistente en ver patrones y conexiones entre sucesos y datos aleatorios. Para ello han utilizado métodos experimentales que sobreestiman de forma consistente la posible “funcionalidad” de cada nucleótido.

En biología se pueden usar dos significados diferentes para la palabra “función” que no hay que confundir. Por un lado, la función seleccionada (“selected effect” en el artículo de Graur et al.) que es resultado de la selección natural y se ha conservado porque permite al ser vivo estar mejor adaptado a su entorno. Y por otro lado, la función circunstancial (“causal role” en el artículo de Graur et al.) que no tiene nada que ver con la selección y la evolución (por ejemplo, la función del corazón es bombear sangre, pero también tiene otras funciones circunstanciales, como producir sonidos, incrementar el peso corporal, etc.). El proyecto ENCODE abusa del concepto de función circunstancial al afirmar que un trozo de ADN tiene “función” si (1) es transcrito, o (2) está asociado a una histona modificada, o (3) está en una zona donde la cromatina está abierta, o (4) se acopla a factores de transcripción, o (5) contiene dinucleótidos CpG metilados. Estas funciones circunstanciales no son funciones seleccionadas y por tanto no son “funciones” en un sentido biológico estricto.

Una cuestión que permea el trabajo del Consorcio ENCODE es la función que tienen los intrones. Los genes en células eucariotas están divididos en intrones y exones, los primeros tras ser transcritos a ARN son “desechados” mientras que los segundos se unen entre sí para formar las secuencias de ARN mensajero que son traducidas a proteínas en los ribosomas. Los intrones no codifican proteínas y su papel biológico no está claro, por lo que la decisión del Consorcio ENCODE de marcarlos como “funcionales” es excesiva y muy discutible. Otra cuestión importante es el papel de los transposones, trozos de ADN que pueden moverse a lo largo del ADN y que constituyen alrededor del 30% del genoma humano y alrededor del 31% del transcriptoma humano. No está claro si algunos transposones tienen una “función” biológica, pero parece claro que la mayoría son simples parásitos, parásitos de parásitos y restos de parásitos. Asignarles una función no tiene sentido biológico.

Desde un punto de  vista metodológico, el proyecto ENCODE cae en graves errores. Para comprobar si algo tiene o interviene en una función hay que eliminarlo y comprobar que la función desaparece o se modifica. Cualquier otra opción es incorrecta desde un punto de vista metodológico. El consorcio ENCODE cae en este tipo de errores constantemente.

¿Ha merecido la pena el proyecto ENCODE? ¿Servirá para algo todo el dinero gastado en este proyecto? Solo el tiempo lo dirá. En ciencia, como en las batallas, el reposo del guerrero es necesario para valorar la gesta.

Nueva controversia en Nature: Las rocas australianas que muestran falsas señales de vida precámbrica marina

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Los fósiles de animales marinos encontrados en rocas australianas del período ediacárico (el último del precámbrico, que comenzó hace unos 635 millones) podrían ser líquenes terrestres según nuevo estudio publicado en Nature. Obviamente, se trata de un estudio controvertido, pues señales parecidas en otros lugares del mundo han sido calificados como animales marinos. La gran dificultad de estos estudios es distinguir estructuras sedimentarias cuyo origen son depósitos de arena en un valle terrestre de los sedimentos en un cañón submarino. Su color rojizo, su geoquímica elemental, su composición isotópica estable, y la presencia de cristales de yeso y de nódulos de carbonato son las razones que alega Gregory J. Retallack para realizar su afirmación. Por supuesto, estas pruebas son ambiguas. Yo no soy experto, por lo que habrá que esperar a futuros estudios, pero cuando el río suena… El artículo técnico es Gregory J. Retallack, “Ediacaran life on land,” Nature 493: 89-92, 03 Jan 2013. Cuando hay polémica, Nature suele acompañar el artículo técnico con una discusión sobre la polémica, tanto alguien a favor como en contra; en este caso Shuhai Xiao, L. Paul Knauth, “Palaeontology: Fossils come in to land,” Nature 493: 28-29, 03 Jan 2013.

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Nature opina que la “noticia del siglo” será olvidada en poco tiempo

Nature es una revista británica. Quizás por eso su opinión sobre la publicación online de emails y documentos robados del Centro Británico por excelencia sobre el Cambio Climático es muy conservadora. Nature ha consultado a muchos científicos sobre el asunto y la opinión generalizada es que pronto se olvidará el asunto. La opinión oficial sobre el tema es que se exageran e interpretan con mala fe los comentarios privados entre científicos que han sido desvelados. Para los científicos consultados, los emails desvelados sólo muestran que la actitud científica de los climatólogos es la “adecuada,” con discusiones viscerales privadas que se diluyen y suavizan en los resultados que finalmente se publican. La evidencia científica del origen antropogénico del cambio climático está “oficialmente” fuera de toda duda y no se verá alterada por este altercado “menor.” Pronto todo este escabroso asunto será olvidado. En cualquier caso, el asunto es feo y ha salpicado la reputación de Phil Jones, con lo que algunas voces claman por su dimisión inmediata, sino como director del CRU, al menos como miembro del comité científico del IPCC (Intergovernmental Panel on Climate Change). Podéis leer el comentario original en Quirin Schiermeier, “Storm clouds gather over leaked climate e-mails. British climate centre reeling over Internet posting of sensitive material,” News, Nature 462: 397, 26 Nov. 2009 (Published online 24 November 2009).

El centro Climatic Research Unit (CRU) de la Universidad de East Anglia (UEA) en Norwich, Gran Bretaña, confirmó el 20 de noviembre el robo de información confidencial que ha sido publicada en la web (fácil de localizar para los interesados en Google o en cualquier programa P2P). Los blogs y las noticias que hablan sobre tema ven en estos datos pruebas claras de todo tipo de conspiraciones a favor del cambio climático desde las instituciones científicas que recaban fondos y financiación para estudiarlo.

Michael Oppenheimer, climatólogo de la Universidad de Princeton, New Jersey, EEUU, afirma que “si alguien piensa que hay algún atisbo de que los datos (científicos) hayan sido adulterados por motivos no científicos, es libre de analizar todos los datos existentes y demostrar que la Tierra no sufre el cambio climático. Muchos lo han intentado desde hace décadas y no lo han logrado.”

Desde Nature se sugiere que el nombre del fichero que se ha publicado “FOIA.zip” apunta a la petición de datos sin procesar que lleva realizando periódicamente, desde 2002, el canadiense Steve McIntyre, editor del blog Climate Audit, especializado en métodos estadísticos usados en climatología al director del CRU, Phil Jones, amparado en el UK Freedom of Information Act, una ley británica el acceso público a la información pagada con dinero público. Sin embargo, McIntyre afirma que él no tiene nada que ver y que no tiene ni idea de quien es el responsable del suceso. Resulta curioso que entre el 24 de julio y el 29 de julio de 2009, el CRU haya rebidido 58 peticiones de McIntyre y otras personas afiliadas a Climate Audit. Nature ya se hizo eco de esta petición en Olive Heffernan, “Climate data spat intensifies. Growing demands for access to information swamp scientist,” News, Nature 460: 787, Published online 12 August 2009. La razón oficial para denegar el acceso a estos datos es que han sido recopilados de diversas fuentes distribuidas por todo el mundo (más de 150 instituciones diferentes) y que el CRU sólo tiene permiso para publicar la versión “procesada” de dichos datos. El permiso para ver los datos “limpios” deben darlo todas las instituciones involucradas en su obtención, algo que no es fácil de lograr.

Esta entrada es provisional todavía… el editorial de Nature hoy seguramente se hará eco de esta noticia. Cuando esté disponible ya os haré un comentario al respecto. NO, NO se ha hecho eco del tema… ¿se nota que Nature es británica? Habrá que esperar la correspondencia la semana que viene…

PS (2 diciembre 2009): Como era de esperar, hoy se publica un editorial de Nature dedicado al caso: Editorial, “Climatologists under pressure. Stolen e-mails have revealed no scientific conspiracy, but do highlight ways in which climate researchers could be better supported in the face of public scrutiny,” Nature 462: 545, 3 December 2009. La verdad es que no aporta mucho a lo ya indicado en esta entrada. La política de Nature es investigar si los artículos publicados en su revista han sufrido algún tipo de fraude. Parece claro para el editor que este no es el caso y que no hay pruebas en los e-mail publicados que apunten a fraude científico. Por ello, Nature no tomará más medidas al respecto. En este número de Nature también dan su opinión algunos expertos climatólogos, como podemos leer en Quirin Schiermeier, “Battle lines drawn over e-mail leak. Climatologists remain sanguine over incident,” News, Nature 462: 551, Published online 2 December 2009. Tampoco hay nada reseñable más allá de la comprensión por parte de los colegas de otras instituciones en relación a este desagradable incidente.

Al final, nadie puede luchar contra los elementos…

Y Margulis es todo un elemento. Los editores de PNAS no pueden luchar contra las “naves” de Margulis. Nos hicimos eco en “Lo siento, Margulis, el artículo sobre la evolución más polémico del año no aparecerá publicado en PNAS,” de que los editores de PNAS querían paralizar la publicación en papel de un polémico artículo “colado” por Margulis utilizando una puerta trasera y que ya había aparecido online. Desafortunadamente, dicho proceso afectó a un artículo de la propia Margulis que también iba a tener problemas para ser publicado (tampoco pasó por un proceso de revisión por pares o peer review). Sin embargo, Margulis es mucha Margulis y los editores han tenido que echarse para atrás. No pueden luchar contra los elementos… Si Margulis, miembro de la Academia Americana de Ciencias quiere que se publiquen se tienen que publicar por “cojones” (sin necesidad de revisores que los avalen). Así son las reglas y lo serán hasta el próximo verano. Pero este año, las reglas no se pueden cambiar. Así que los editores han dado su brazo a torcer, se han metido el rabo entre las piernas y han aceptado que ambos artículos aparezcan en la versión de PNAS en papel de la próxima semana (ya están online). Tanto el polémico artículo de Donald I. Williamson, “Caterpillars evolved from onychophorans by hybridogenesis,” PNAS published online before print August 28, 2009, como el artículo más “estándar” de Øystein Brorson, Sverre-Henning Brorson, John Scythes, James MacAllister, Andrew Wier, y Lynn Margulis, “Destruction of spirochete Borrelia burgdorferi round-body propagules (RBs) by the antibiotic Tigecycline,” PNAS published online before print October 20, 2009.

Rectificar es de sabios, dirán algunos, pero al comité editorial de la revista PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences) no les tiene que haber hecho ninguna gracia que los ninguneen. El editor principal Randy Schekman tras generar una disputa con la “señora” Lynn Margulis, bióloga celular de la Universidad de Massachusetts, Amherst, EEUU, ha tenido que comerse su lengua y reconocer que la palabra de un Académico es la palabra de un Académico y si dice que sus artículos se deben aceptar sin revisores, serán aceptados sin revisores, que quien no corre vuela y el año que viene ya no podrá hacerlo. ¡Cosas de los americanos!

¿Cuántos más papers colará Margulis en PNAS de aquí hasta que ya no se pueda hacer?

Sabiendo que muchos lectores de este blog son amantes de los libros de divulgación de Margulis (“¿Qué es la vida?” junto a su hijo es buenísimo), quisiera hacer constar que no tengo nada en contra de esta señora. Lo único que me molesta es que le moleste que sus artículos pasen por revisores sabiendo que con toda seguridad se los van a aceptar sin problemas. Sobre todo tras apoyar un artículo polémico y enconarse con el editor principal de PNAS. ¿Qué sentido tiene que ponga sus “cojones” por delante? ¿No es el avance de la ciencia el objetivo de las publicaciones científicas?