JAABA, un etólogo automático que anota comportamientos animales en vídeos de laboratorio

Dibujo20130117 JAABA - interactive machine learning for automatic annotation of animal behavior

Los naturalistas, como Félix Rodríguez de la Fuente, y los etólogos, como Konrad Lorenz, estudian el comportamiento animal buscando conductas y pautas innatas o aprendidas de diferentes especies. Una vez han determinado las más comunes (de agresividad, apareamiento, desarrollo, vida social, impronta, etc.) para una especie concreta, se pasan horas y horas observándolas una y otra vez, repetidas hasta la saciedad, buscando comportamiento atípicos o excepcionales de gran valor documental. En la Naturaleza parece difícil sustituir a una persona, pero en un laboratorio se puede utilizar un software de análisis de vídeo que busque los dichos comportamientos, como JAABA (Janelia Automatic Animal Behavior Annotator), que es open source. El investigador anota cada comportamiento en una serie de vídeos que sirven para entrenar un sistema de aprendizaje que más tarde se encargará de buscar dichos comportamientos en nuevos vídeos de forma automática. El sistema puede detectar comportamientos no anotados, quitando la paja y guiando al investigador directamente hacia los más interesantes o novedosos. El siguiente vídeo de youtube describe cómo funciona el sistema, que se ha publicado en Mayank Kabra, “JAABA: interactive machine learning for automatic annotation of animal behavior,” Nature Methods 10: 64-67, Jan. 2013.

JAABA utiliza como entrada la trayectoria (en el plano x,y) del animal determinada por un software específico (hay varios, como Ctrax, también open source). El investigador utiliza un interfaz para anotar el vídeo indicando en el vídeo, para cada conducta, cuando empieza y cuando acaba. Tras una primera fase de entrenamiento, el software aprenderá dichas conductas y anotará automáticamente los vídeos para que el investigador ratifique si han sido identificadas de forma correcta. El software ha sido utilizado con éxito en moscas de la fruta, larvas y ratones, con tasas de error en la clasificación de los comportamientos del 1,9%, 5,2% y 4,4%, respectivamente.

Dibujo20130117 JAABA - flies - larvae - mice

2 pensamientos en “JAABA, un etólogo automático que anota comportamientos animales en vídeos de laboratorio

  1. Creo que la palabra correcta es “automatizado” y no automatico. De resto mi enhorabuena.

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