JAABA, un etólogo automático que anota comportamientos animales en vídeos de laboratorio

Dibujo20130117 JAABA - interactive machine learning for automatic annotation of animal behavior

Los naturalistas, como Félix Rodríguez de la Fuente, y los etólogos, como Konrad Lorenz, estudian el comportamiento animal buscando conductas y pautas innatas o aprendidas de diferentes especies. Una vez han determinado las más comunes (de agresividad, apareamiento, desarrollo, vida social, impronta, etc.) para una especie concreta, se pasan horas y horas observándolas una y otra vez, repetidas hasta la saciedad, buscando comportamiento atípicos o excepcionales de gran valor documental. En la Naturaleza parece difícil sustituir a una persona, pero en un laboratorio se puede utilizar un software de análisis de vídeo que busque los dichos comportamientos, como JAABA (Janelia Automatic Animal Behavior Annotator), que es open source. El investigador anota cada comportamiento en una serie de vídeos que sirven para entrenar un sistema de aprendizaje que más tarde se encargará de buscar dichos comportamientos en nuevos vídeos de forma automática. El sistema puede detectar comportamientos no anotados, quitando la paja y guiando al investigador directamente hacia los más interesantes o novedosos. El siguiente vídeo de youtube describe cómo funciona el sistema, que se ha publicado en Mayank Kabra, “JAABA: interactive machine learning for automatic annotation of animal behavior,” Nature Methods 10: 64-67, Jan. 2013.

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Qué es lo que queremos: Premios Nobel o transferencia tecnológica

Dibujo20130117 to nobel prize or to innovate -that s the question

Mucha gente se lamenta de que las universidades españolas están mal posicionadas en los rankings internacionales (Shanghai ARWU, TIME WUR), destacando que no hay ninguna entre las cien primeras. Factores importantes en la posición en estos rankings como el número de Premios Nobel que son profesores y/o han sido alumnos de dichas universidades nos colocan en una posición muy deficiente. Por otro lado, hay mucha gente que lamenta que haya poca transferencia tecnológica, innovación y pocas spin-off desde la universidad. La investigación básica conduce a Premios Nobel, mientras que la investigación orientada a la transferencia conduce a spin-off. El Gobierno tiene que decidir qué es lo queremos.

El mejor ejemplo de esta dicotomía es la época dorada de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) de EEUU entre los años 1964 y 1972. Se lograron nueve (9) laureados con el Premio Nobel. ¿Cómo lo hicieron? Nos lo cuenta Jeffrey S. Flier (Dean of the Faculty of Medicine, Harvard Medical School, Boston, MA, USA), “Creating a Nobel Culture,” Science 339: 140-141, 11 January 2013, y Joseph L. Goldstein, Michael S. Brown, “A Golden Era of Nobel Laureates,” Science 338: 1033-1034, 23 November 2012. Permíteme un resumen breve de sus ideas (frases sueltas, recortadas y cambiadas de orden, pero tratando de mantener el sentido original).

“En aquella época, los institutos del NIH era un lugar privilegiado, de ensueño, para la investigación biomédica. El entorno científico era embriagador, los recursos de investigación parecían ilimitados y la excelencia científica alcanzó los extremos más altos. Muchos investigadores que se educaron en ese ambiente ahora lideran la investigación biomédica y la medicina académica en EEUU.

No existía la tensión entre investigación básica y transferencia. Sencillamente, no se hacía investigación orientada a la transferencia. Aunque muchos descubrimientos básicos de aquella época tuvieron un impacto clínico, la transferencia no era un objetivo en el NIH. Todo se centraba en la investigación fundamental.

Por supuesto, había muchos estudios sobre las rutas moleculares, celulares y fisiológicas que estaban destinadas a comprender ciertas enfermedades. Pero en los institutos del NIH había muy pocos pacientes, con preferencia los que padecían enfermedades raras y complejas, las enfermedades que podían estimular las investigaciones básicas de las rutas moleculares que interesaban a los investigadores.

En aquella época se dedicaba mucho tiempo a tareas que ahora parecen improductivas. Toda investigación era evaluada por su novedad, importancia e impacto de las ideas generadas. La motivación de los científicos estaba orientada a entender los procesos entre moléculas y células, en lugar de tal o cual enfermedad. Más aún, en aquella época la educación en las facultades de medicina y los programas de doctorado asociados estaban orientados a la formación de investigadores. Todo el mundo esperaba que los mejores y más brillantes de los estudiantes graduados siguieran una carrera investigadora impulsada por la curiosidad y cuyo objetivo era hacer ciencia con mayúsculas. Se respiraba la pasión por la investigación fundamental. El camino del éxito eran los descubrimientos biológicos, porque su aplicación para mejorar la salud de la población era labor de otros.”

¿Qué queremos que sea el CSIC en España? ¿Qué queremos/exigimos de las universidades españolas? La palabra excelencia rellena la boca de mucha gente. En mi opinión, hay que elegir entre formar profesionales excelentes o excelentes investigadores. No se puede tener de todo como en botica. El gran problema de la mal llamada “fuga de cerebros” no es que emigren los profesionales excelentes, sino los excelentes investigadores. Si el Gobierno de España quiere que las universidades se posicionen mejor en los rankings, debe evitar la emigración de los excelentes investigadores, los que acaban obteniendo Premios Nobel.

¿Qué opinas al respecto?

Inger Enkvist, la educación diferenciada y la calidad a golpe de ley

Sobre la nueva Ley de Educación en España: “El texto de la propuesta de ley me sorprende un poco. (…) Lo que yo veo como profesora es una serie de pequeñas decisiones que van a influir en los colegios, pero para ejercer una coacción sobre los adultos, más que para aumentar la calidad de los conocimientos. ¿Dónde está el amor por los conocimientos?”