El metagenoma fecal y el microbioma intestinal humano

Dibujo20130102 Individuality and temporal stability of genomic variation patterns

Un laboratorio de biología molecular y genética suele ser un lugar limpio, pero a veces hay que trabajar con muestras de entornos “sucios.” El metagenoma es el conjunto de genomas de un determinado entorno, obtenido a partir de muestras de ese ambiente, sin necesidad de aislar y cultivar las diferentes especies por separado. Se publica un nuevo estudio en Nature que analiza la variabilidad del metagenoma de las heces humanas (se han estudiado 252 metagenomas fecales de 207 personas de Europa y Norteamérica). El estudio ha detectado 10,3 millones polimorfismos de un único nucleótido (SNPs), que son bastante estables cuando corresponden al mismo individuo y algo menos entre individuos. Las técnicas de secuenciación genómica de alto rendimiento están permitiendo estudios de las poblaciones microbianas intestinales que podrían tener aplicaciones en el análisis de los efectos de la dieta o la ingestión de fármacos en el bienestar humano. Me ha resultado curioso este artículo, que raya lo escatológico, Siegfried Schloissnig et al., “Genomic variation landscape of the human gut microbiome,” Nature 493: 45-50, 03 Jan 2013.

PS: Conviene recordar una noticia reciente de Europa Press, “Los tratamientos con antibióticos pueden alterar la flora intestinal,” 20minutos.es, 31 Dec 2012. Manuel Ferrer, investigador del del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y sus colegas acaban de observar que el tratamiento con antibióticos puede alterar la flora intestinal: Su biodiversidad disminuye durante el tratamiento, además las bacterias de flora reducen su capacidad de producir proteínas y se altera su capacidad metabólica, asimilando menos hierro y produciendo menos moléculas esenciales. Según Ferrer, la investigación “demuestra por primera vez que las bacterias intestinales presentan una menor capacidad de producción de proteínas, así como deficiencias en actividades clave, durante y al finalizar el tratamiento.” Las bacterias afectadas por el tratamiento “podrían ser responsables de mejorar la interconexión entre el hígado y el colon, y la producción de moléculas esenciales como ácidos biliares, hormonas y derivados del colesterol.” El artículo técnico es Ana Elena Pérez-Cobas et al., “Gut microbiota disturbance during antibiotic therapy: a multi-omic approach,” Gut, Online First, 12 Dec 2012.

Dibujo20130102 presumptive model related follow-up effect antibiotics on microbial flora