¿Por qué es más fácil secuenciar el genoma de un mamut que el de un elefante?

dibujo20081118lyubiamamut

Cría de mamut congelada encontrada en Siberia.

Lo primero es lo primero. Ya lo habrás leído en todos los medios. Se ha secuenciado el (70% sólo) del genoma de un mamut a partir de sus cabellos (pelo) congelado a 20 grados bajo cero, en Webb Miller et al. “Sequencing the nuclear genome of the extinct woolly mammoth,” Nature 456: 387-390, 2008 . Nos lo cuenta de forma “digerida” Michael Hofreiter, “DNA sequencing: Mammoth genomics,” News and Views, Nature 456: 330-331, 2008 , y también Henry Nicholls, “Darwin 200: Let’s make a mammoth,” News Feature, Nature 456, 310-314, 2008 . En español puedes leer a Malen Ruiz de Elvira, “Un genoma a partir del pelo de dos mamuts,” El Pais, 20-11-2008 , a Miguel G. Corral, “Secuenciado por primera vez el genoma de un animal extinguido: el mamut,” El Mundo, 20/11/2008 , e infinidad de blogs.

Lo segundo, la respuesta a la pregunta. Sí, es más fácil secuenciar el genoma “publicable” de un mamut que el “publicable” de un elefante moderno. 

El ADN encontrado en fósiles está muy fragmentado, además de contaminado por el de bacterias y hongos, con lo que las técnicas de secuenciación de genomas estándares son imposibles de utilizar. Sin embargo, en 2005 se desarrolló una nueva técnica, el método 454, que permite obtener el genoma partido en un gran número de secuencias cortas (de unas 30 bases), con un gran número de errores. Para recuperar el genoma completo es necesario secuenciar entre 10 y 20 veces el mismo genoma y comparar los múltiples resultados obtenidos. Es un proceso muy costoso si se quiere un genoma con calidad. Esto es un poblema grave a la hora de “vender” (anunciar) que se ha secuenciado un genoma moderno. Pero no un genoma fósil, que se encuentra fragmentado en trozos de unas 100 bases como mucho y no podemos esperar obtener el genoma con calidad y el método 454 permite obtener un borrador “malo” pero un borrador “publicable”. Por ello es más fácil secuenciar el genoma de un mamut que el de un elefante moderno. 

Por cierto, se ha secuenciado el genoma de “una” mamut. El cromosoma Y es demasiado pequeño para ser secuenciado con la técnica utilizada. De hecho, uno de los grandes problemas ahora es “repartir” el genoma secuenciado en cromosomas, ni siquiera se sabe cuántos tiene un mamut (¿los mismos que un elefante?). De hecho, ya en la novela Jurassic Park, de Michael Crichton, se clonanban dinosaurios “hembra” (con la excusa de que no se reprodujeran). Si algún día se clona un mamut y se reproduce en un elefante, será hembra.

¿Para qué sirve secuenciar el genoma de un mamut? La verdad, para muy poco. Las diferencias entre su ADN y el de un elefante moderno, del orden del 0.6% son insuficientes para pensar que vayamos a aprender mucho de su genoma.

¿Cuál el próximo borrador del genoma de un animal extingido que se publique? Casi con toda seguridad, el genoma del hombre de Neanderthal.