Francis (th)E mule Science's News

18 enero 2011

XV Carnaval de Física: Cómo producen electricidad las bacterias oceánicas Shewanella

Manuel Sánchez, autor de “Curiosidades de la Microbiología,” organiza la XV Edición del Carnaval de la Física. El límite para enviar entradas es el 25 de enero; él recopilará las entradas el 30 de enero en su blog. ¡Anímate y participa! Como el blog anfitrión quiere que “si es posible, que las entradas traten un tema que tenga alguna relación con el mundo de la Física y sus relaciones con los mundos de la Biología y/o de la Química,” mi primera entrada será, faltaría más, de microbiología: las bacterias capaces de producir electricidad.

El catabolismo, el conjunto de reacciones químicas que transforma los nutrientes en energía, produce electrones innecesarios como desechos; respiramos para que las moléculas de oxígeno lleguen a través de la sangre a nuestras células, acepten estos electrones de desecho e iones de hidrógeno produciendo agua. Pero las bacterias que viven en entornos que carecen de oxígeno (como la bacteria marina Shewanella oneidensis), no pueden digerir estos electrones sobrantes y los excretan a través de su membrana si entran en contacto con un mineral extracelular adecuado, como hierro, manganeso u óxidos de uranio. Los físicos y los químicos pueden aprovechar estos electrones para obtener pilas de combustible basadas en bacterias. Baterías eléctricas vivas que pueden usarse para producir biocombustibles o como fuentes renovables de energía. Muchos habréis oído de hablar de este asunto pero, ¿cómo excretan electrones estas bacterias? Nadie lo sabe, pero muchos físicos están tratando de averiguarlo. Nos lo cuenta Ashley G. Smart, “Two experiments, two takes oon electric bacteria,” Physics Today 63: 18-20, December 2010 [copia gratis].

Todavía es un misterio para la ciencia el mecanismo exacto por el que las proteobacterias  Shewanella excretan electrones. Las dos explicaciones más habituales son: (1) estas bacterias segregan unas moléculas lanzadera que se difunden en la superficie del metal, depositan los electrones, y retornan a la pared celular para repetir el proceso; y (2) estas bacterias en contacto con un metal adecuado, liberan directamente los electrones a través de la pared celular. Los investigadores que defienden la primera hipótesis afirman que las moléculas lanzadera son flavinas, como la riboflavina (vitamina B2); pero algunas bacterias productoras de electricidad como las geobacterias son incapaces de secretar flavinas. Los investigadores que defienden la segunda hipótesis afirman que si las proteobacterias del género Geobacter son capaces de transferir directamente electrones a través de su membrana, por qué no lo van a poder hacer sus primas hermanas del género Shewanella.

La solución podría ser el experimento, pero los experimentos no son como Salomón (que fue capaz de decidir la madre del bebé). Dos grupos de investigadores han demostrado que ambas hipótesis podrían ser correctas.

La primera hipótesis ha sido corroborada por Charles Lieber (Universidad de Harvard) y Bradley Ringeisen (Laboratorio de Investigación de la Marina en Washington, DC). La segunda hipótesis ha sido corroborada por Mohamed El-Naggar (Universidad de California del Sur) y Yuri Gorby (Instituto de J. Craig Venter en San Diego, California). Quizás la solución sea salomónica, ambas hipótesis son correctas: dos mecanismos alternativos en la Shewanella para la misma función.

Lieber y Ringeisen han desarrollado una pila de combustible basada en nanoelectrodos multicapa alternando oro y titatnio sobre un sustrato de cristal. En lugar de exponer directamente el cultivo bacteriano a estos nanoelectrodos, han recubierto los nanoelectrodos con una capa aislante de 400 nanómetros de nitruro de silicio en la que han hecho agujeros. Como muestra la figura de arriba, electrodo de la izquierda, en un caso eran muchos agujeros muy pequeños, de unos cientos de nanómetros de diámetro, y en el otro caso, electrodo de la derecha en la figura, la ventana era enorme, de unos 6×10 μm. En ambos casos, el área total expuesta las bacterias era idéntica. Y en ambos casos la respuesta del electrodo fue idéntica: unos 5 pA tras unos 20 minutos, como muestra la figura de arriba, derecha. Según Lieber y Ringeisen la razón es que hay una molécula lanzadera capaz de penetrar en los agujeros más pequeños sin necesidad de que la pared celular de la bacteria haga contacto con los nanoelectrodos.

Resuelto el asunto. No, ya que las proteobacterias Shewanella tienen un flagelo cuyo diámetro es menor que los agujeros utilizados y podría penetrar por ellos hasta hacer contacto con los nanoelectrodos. Gorby decidió estudiar si estos flagelos son capaces de conducir la electricidad (y excretar electrones). Gracias a la ayuda de El-Naggar, experto en fabricación de nanohilos han logrado medir la resistencia eléctrica del flagelo (figura de arriba, izquierda) y resulta que mide 1 Ω·cm (como un semiconductor moderado). Más que suficiente para ser responsable del flujo total de electrones por segundo (la corriente eléctrica) que produce la cada bacteria Shewanella. Para verificar su resultado han depositado bacterias sobre una matriz de oro y óxido de silicio (figura de arriba, derecha) y han utilizado un microscopio de fuerza atómica para determinar la resistividad de forma directa y han obtenido el mismo resultado (1 Ω·cm).

En resumen, los flagelos con un diámetro entre 5 y 10 nm podrían atravesar los agujeros del primer experimento y conducen lo suficiente como para ser responsables del efecto observado sin que exista ninguna molécula lanzadera. Pero Lieber y Ringeisen no dan su brazo a torcer y han decidido probar de otra forma su hipótesis. Han bañado un cultivo de proteobacterias con un fluido rico en flavinas y luego han retirado dicho fluido. La corriente ha desaparecido de repente, aunque muchas bacterias seguían adheridas al electrodo. Luego han vuelto a introducir el fluido y la corriente ha vuelto a recuperarse.

Entonces, ¿cuál de las dos hipótesis es la correcta? Quizás sean correctas las dos. La evolución podría haber dotado a las proteobacterias de dos mecanismos alternativos para excretar los electrones de desecho de su catabolismo.

Publicar en revistas de acceso gratuito (open access)

Solo el 10% de los artículos científicos se publican en revistas de acceso gratuito (Open Access), pero el 90% de los científicos cree que el acceso gratuito es beneficioso para la ciencia. Así lo indica una encuesta realizada el año pasado a 53.890 científicos/autores de 162 países (solo 38.358 han contestado a todas las preguntas). Los resultados se acaban de publicar en el Simposio SOAP (Proyecto Europeo FP7), 13 de enero. Para los interesados en este tema, las transparencias de las cuatro charlas presentadas están disponibles gratis, como no iba a ser menos: “The landscape of Open Access Publishing today,” “What scientists think about Open Access Publishing today,” “Open Access Publishing today: what scientist do and why,” y “Where Open Access Publishing is coming from and where it is going to.” Permitidme algunos números para ir abriendo boca.

El número total de revistas de acceso gratuito es de 4032, de las que 2838 son solo en inglés, aunque el 22% de todas las revistas científicas son mixtas y publican artículos de acceso gratuito (un 2% del total). En las revistas de acceso gratuito en inglés se han publicado un total de 116.883 artículos. El 90% de las editoriales tiene una sola revista de acceso gratuito, el 9% tiene menos de 10 (491 revistas), y solo 5 editoriales tienen más de 50. Menos del 10% de las editoriales publican más del 75% de todos los artículos de acceso gratuito.

¿Qué impacto tienen estas 2838 revistas? Solo 313 (11%) tienen índice de impacto en el ISI-JCR (2008), aunque 1176 (41%) son indexadas en Scopus (2009). Como se observa en la figura de arriba para cuatro áreas (Biología, Medicina, Geociencias y Química), el índice de impacto medio de las revistas de acceso gratuito es menor que el del resto porque su número es más pequeño, pero su comportamiento es similar al del resto de las revistas en todas las áreas.

La opinión general de los científicos entrevistados es que las revistas de acceso abierto son beneficiosas para la ciencia (más o menos el 90% de las opiniones, dependiendo del campo del saber). Los científicos que ven problemas en este tipo de publicaciones indican que puede afectar al proceso de revisión por pares (ya que los autores pagan por publicar), puede crecer el número de revistas que publican trabajos de baja calidad científica, si los autores tienen que pagar por publicar tendrán menos dinero para investigar, y no hay ningún beneficio en que los artículos sean de acceso gratuito para el público en general. Los científicos a favor de estas publicaciones afirman que los resultados de la investigación pagada con fondos públicos debe ser de acceso gratuito, los artículos de acceso gratuito son más leídos y más citados que los que no lo son, y el acceso a las revistas por suscripción penaliza la investigación de las instituciones que no pueden pagar sus altos costos (como en las universidades en países en vías de desarrollo).

Para los interesados en más detalles, les remito a las transparencias indicadas más arriba o la página web del Proyecto SOAP.

PS (20 ene. 2010): Gretchen Vogel, “Open Access Gains Support; Fees and Journal Quality Deter Submissions,” Science 331: 273, 21 January 2011, también se hace eco del informe publicado por el proyecto SOAP.

Tema Rubric. Blog de WordPress.com.

Seguir

Get every new post delivered to your Inbox.

Únete a otros 2.616 seguidores